2008年11月17日，百度因竞价排名人为干预搜索结果被中国电视台焦点访谈曝光而股价暴跌。而在过去8年，竞价排名曾将百度推上商业巅峰，上市后营收曾创下连续14个季度同比翻番的佳绩。但也因其搜索的公正性和商业道德遭质疑，而让百度一度深陷成立以来的最大危机。
百度关键字竞价系统此前曾备受诟病，因为其将普通搜索和竞价排名搜索结果混在一起。用户无法分清普通搜索和竞价排名搜索，因此常会被欺诈广告所迷惑。百度称，“凤巢”启用后，百度的搜索页面将出现明显变化，早先备受诟病的广告和搜索结果不分状况将不复存在。
2009年12月1日零时，百度将已推出8年的竞价排名系统全面切换为全新“凤巢”系统，标志着百度竞价排名历史的终结。届时百度专业版凤巢将接管所有推广位置，百度竞价排名将淡出百度推广管理平台。
百度商业运营副总裁沈日告瑜预计，百度第四季度营收可能下降10%。
沈日告瑜此前曾表示，“凤巢”会将所有的竞价推广信息放到右侧，左侧只会出现几条赞助商信息。无疑，让用户习惯并点击右侧的商业广告尚需时日。一位曾同时使用竞价排名和“凤巢”的企业主也表示，虽然没有做过确切统计，但感觉与“凤巢”相比，竞价排名带来的业务量多出一倍。
百度宣布凤巢系统推出后，百度股价一度从433美元下探至371美元。12月1日，美股收盘时，百度股价重又回升至438.90。
围绕“凤巢”，外界不乏质疑，有人认为，凤巢和竞价排名的区别，似是“形式的改变，最大的改变仅是搜索结果摆放的位置，而不是搜索结果本身。”业界有分析认为，因付费点击的商业模式没有改变，“凤巢”系统仅是关键字竞价系统的更新版本。最关键的是，“凤巢”被认为并未解决人工干预搜索结果、虚假点击等一系列问题。
易观分析师李智预计，最早到今年第四季度，市场才能比较清楚地看到凤巢对百度收入的提振效果。
按照百度方面的说法，“凤巢”搜索第一页广告的数量及比重下降不超过10条及50% ，但在百度搜索“鲜花”，单左侧有10条推广链接，右侧有8条竞价信息。同样搜索“创业”、“致富”、“赚钱”等关键词，左侧也有10条左右推广链接，右侧有8条左右竞价信息。而这些，都是百度热门的竞价词。
发布“凤巢”当天，伯恩斯坦研究公司Bernstein Research 分析师杰弗里-林赛(Jeffrey Lindsay)将百度评级由“跑赢大盘”调为“与大盘持平”，称该公司目前的价值已与其基本面追平。”不过，林赛仍将百度目标价由420美元提高到了460美元。
百度启动凤巢计划。传统的左侧做竞价的网站，会从之前最多10个，降到最多3个网站。降低了百度首页的广告，使之从关键字的广告获益减少。从目前状况而言，“凤巢”的推出，未必能使百度一劳永逸，无论是对客户还是对用户，百度“凤巢”仍面临挑战。